本署為直屬財政部之行政機關，置署長一人，副署長二人，主任秘書一人，設六組四室，各組置組長、副組長各一人，人事、政風及主計室置主任，組及秘書室以下分科辦事。

主要職掌為賦稅法規之擬訂、修改及解答；國稅稽徵業務之規劃、指揮、監督及考核；地方稅稽徵業務之規劃、督導及考核；各地區國稅局監察業務之指揮、監督及考核；重大逃漏稅案件之稽核；有關賦稅行政、稅務資訊之規劃、考核及租稅教育與宣傳等之推動。

§本署組織系統、各組業務職掌如圖：
§針對上方組織系統、各組業務職掌圖詳細說明：
　▶本署設下列6組、4室：
　　▷所得稅組：掌理所得稅、所得稅涉外事務業務。
　　▷消費稅組：營業稅、證券交易稅、期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、特種貨物及勞務稅。
　　▷財產稅組：遺產及贈與稅、土地稅、房屋稅、使用牌照稅、印花稅、契稅、娛樂稅、特種貨物及勞務稅。
　　▷監察組：稅務風紀監察業務。
　　▷稽核組：逃漏稅案件之稽核。
　　▷稽徵行政組：稅務行政、資訊規劃、租稅教育及宣傳、地方稅稽徵實務規劃及綜合規劃。
　　▷秘書室：印信典守、事務及文書檔案管理。
　　▷人事室：人事管理。
　　▷政風室：風紀工作及機密維護。
　　▷主計室：歲計、會計及統計事項。