在大陸時期，財政部門主管內地稅捐的部門，分設有國稅署、田糧署及地方財政司等三單位。民國三十八年政府播遷來台，三十九年五月間，行政院頒布中央政府精簡機構案，將上述單位合併改組為賦稅署，是為財政部賦稅署之濫觴。

五十九年間，鑑於工商發展迅速，賦稅業務日趨龐雜，將地方財政業務劃歸財政部國庫署，糧政業務劃歸糧鹽司(後改隸經濟部)接辦，自此賦稅署所負責者始全為賦稅業務。六十五年九月一日，行政院依貨物稅條例第十一條規定，核定「財政部賦稅署貨物稅評價委員會組織規程」，設置貨物稅評價委員會，主任委員由賦稅署署長兼任，掌理貨物稅完稅價格之評定事項。

七十年二月公布修正「財政部組織法」，並據以在七十一年制定「財政部賦稅署組織條例」，賦稅署據此於七十二年元月一日設立，正式成為財政部的法定附屬機關，除原有賦稅業務外，並增加稅務稽核及監察工作。

一0一年二月三日配合行政院組織調整公布制定「財政部賦稅署組織法」，並定自一0二年一月一日施行。新機關組織架構，為中央行政機關組織基準法所定三級機關，並將原有財政部賦稅署貨物評價委員會及財政部中部辦公室(賦稅業務)依業務屬性，分別納入內部各相關單位。