所詢香港企業在臺灣有權利金(著作權)收益，如何報稅及抵稅問題，說明如下：

1. 按香港澳門關係條例第29條第2項規定，香港法人、團體或其他機構有臺灣地區來源所得者，應就其臺灣地區來源所得比照總機構在中華民國境外之營利事業，依所得稅法規定課徵所得稅。次按所得稅法第73條第1項規定，在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業，有同法第88條規定扣繳範圍之所得者，應由扣繳義務人於給付時，按給付額依規定之扣繳率扣繳稅款。
2. 依上，所詢香港企業取自臺灣企業之權利金(著作權)收益，如屬扣繳範圍之中華民國來源所得者，應由臺灣企業(扣繳義務人)於給付時，按給付額依規定之扣繳率扣繳稅款。至在臺灣扣繳之稅款可否回香港抵稅，因涉香港政府稅收管轄權範疇，仍請向香港政府相關單位洽詢。謝謝您的提問。